پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP

word
72
2 MB
32486
مشخص نشده
کارشناسی ارشد
قیمت: ۷,۲۰۰ تومان
دانلود فایل
  • خلاصه
  • فهرست و منابع
  • خلاصه پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP

    پایان نامه کارشناسی ارشد

    رشته شیلات گرایش تکثیر و پرورش آبزیان

    هورمون رشد (GH) مهم‌ترین هورمون کنترل کننده رشد سلول‌های سوماتیک و موثر در سنتز پروتئین، چربی و کربوهیدرات‌ها می‌باشد. هدف از پژوهش حاضر شناسایی چند شکلی‌های ژن GH-1‌در ماهی کپور معمولی و GH-2 در ماهی سفید با استفاده از تکنیک PCR-SSCP و ارتباط آن با صفات مرتبط به رشد (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) بوده است. تعداد 150 قطعه ماهی کپور در 4 گروه سنی 4، 6، 12و 24 ماهه و 150 قطعه ماهی سفید در سن 3 ماهگی به طور تصادفی انتخاب  و از باله دمی برای استخراج DNA استفاده شد. پس از استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته، دو قطعه به اندازه 373 و 410 جفت باز به ترتیب برای جایگاه‌های ژنی  GH-1در ماهی کپور معمولی و GH-2 در ماهی سفید تکثیر و تعیین ژنوتیپ افراد به روش SSCPانجام گرفت. در نمونه‌های مورد مطالعه 8 الگوی باندی متفاوت A، B، C، D، E، F، G و H در جمعیت کپور ماهیان بهترتیببافراوانی‌های 33/31، 67/10، 67/20، 67/22، 4، 2، 67/2 و 6 درصد و 3 الگوی باندی متفاوت A، B و C به ترتیب با فراوانی 67/24، 67/58 و 67/16 درصد در جمعیت ماهی سفید مشاهده شد. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت ارتباط معنی دار آماری بین ژنوتیپ های مختلف ژن GH-2 ماهی سفید با صفات وزن، طول بدن و فاکتور وضعیت وجود ندارد. همچنین بین ژن GH-1 ماهی کپور در سه گروه سنی 4 ماه، 6 ماه و 12 ماه با صفت وزن ارتباط معنی دار آماری (05/0>P) وجود دارد در حالی که با صفات طول و فاکتور وضعیت ارتباط معنی داری مشاهده نشد. آزمون چند دامنه‌ای دانکن برای جمعیت ماهیان کپور معمولی در سه گروه سنی 4 ماه، 6 ماه و 12 ماه نشان داد که ماهیان با ژنوتیپ دارای الگوی باندی D به طور معنی داری (05/0>P) دارای وزن بیشتری نسبت به سایر ژنوتیپ ها بودند. همچنین آزمون چند دامنه‌ای دانکن برای ماهی سفید نشان داد که افراد با ژنوتیپ C،CF بالاتری (05/0>P)  نسبت به افراد با ژنوتیپ A داشتند. از نظر صفات وزن و طول در داخل جمعیت ماهیان سفید، هیچ کدام از ژنوتیپ ها با یکدیگر اختلاف معنی دار نداشتند. نتایج تعیین توالی قطعه تکثیری در ماهی سفید نشان داد که در الگوی باندیC، نه SNP به صورت تغییرنوکلوتیدیT به G در موقعیت 82 جفت بازی، A به C در موقعیت 113 جفت بازی، G به A در موقعیت 207 جفت بازی، G به A در موقعیت 254 جفت بازی، G به A در موقعیت 269 جفت بازی، G به A در موقعیت 296 جفت بازی، A به G در موقعیت 307 جفت بازی، C به A در موقعیت 308 جفت بازی و G به A در موقعیت 346 جفت بازی رخ داده است. همچنین در موقعیت 366 جفت بازی در الگوی باندی B یک جهش از نوع حذف مشاهده شد. مشاهده هشت الگوی باندی مختلف در جایگاه مورد مطالعه در این پژوهش نشان دهنده تنوع زیاد در جایگاه ژنی GH-1 در جمعیت ماهیان کپور معمولی می‌باشد. بنابراین با توجه به اهمیت اقتصادی ماهی کپور معمولی و ماهی سفید در صنعت پرورش و  وجود همبستگی بین چندشکلی‌های مشاهده شده و صفات رشد احتمالا بتوان از این جایگاه نشانگری در برنامه‌های اصلاح ن‌ژادی در جمعیت‌های مورد مطالعه بهره برد. به هر حال جهت دست یابی به نتایج مطمئن نیاز به تکرار آزمون با تعداد نشانگر بیشتر از این جایگاه‌های ژنی و اندازه نمونه‌های بزرگ‌تر از این جمعیت‌ها می‌باشد.

    کلمات کلیدی: ژن GH، کپور معمولی، ماهی سفید، PCR-SSCP

    1-1 مقدمه

    روند رو به رشد جمعیت جهان و متعاقب آن افزایش نیازهای پروتئینی باعث شده است که بشر به مصرف آبزیان ازجمله ماهیان رو آورد. همچنین کاهش ذخایر آبزیان بشر را بر آن داشته تا برای پرورش گسترده آبزیان در محیط‌های آبی کوچک و محدود نیز اقدام کند. امروزه تقاضا برای مصرف ماهی در کلیه نقاط دنیا در حال افزایش است. به همین دلیل پیشرفت سریع در برنامه‌های تحقیقاتی به خصوص در زمینه تکثیر، پرورش، تغذیه، ژنتیک و مدیریت سیستم‌های پرورشی مورد نیاز خواهد بود. تقاضای جهانی برای مصرف ماهی و فرآورده‌های دریایی تحت تاثیر سه عامل افزایش جمعیت، میزان درآمد و قیمت آن است. پیش بینی شده است که تا چند سال آینده تقاضای جهانی برای مصرف ماهی و فرآورده‌های دریایی به بیش از 100 میلیون تن برسد (فائو، 2008). برای بهره برداری بیشتر از سیستم‌های تولید باید به دنبال راهکارهایی از قبیل اصلاح نژاد، بهبود تغذیه و یا مدیریت صحیح پرورش باشیم. در این بین اصلاح نژاد که به منظور تغییر ظرفیت ژنتیکی برای صفات اقتصادی مورد نظر انجام می‌گیرد، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. صفات مختلف یک حیوان را می‌توان از نظر تعداد ژن‌های کنترل کننده و میزان تاثیر عوامل محیطی به دو دسته صفات کمی و کیفی تقسیم بندی کرد. صفات کیفی توسط یک یا تعداد کمی ژن بیان می‌شوند و عوامل محیطی در بروز این صفات اهمیت چندانی ندارند، ولی صفات کمی اغلب توسط تعداد زیادی ژن کنترل می‌شوند و در بروز آن‌ها عوامل محیطی موثر هستند. اغلب صفات کیفی وراثت پذیری بالایی دارند، در نتیجه انتخاب و اصلاح این صفات نسبتا آسان است و غالبا نیازی به انتخاب غیر مستقیم وجود ندارد. ولی صفات کمی که عوامل محیطی بر آن‌ها موثر است، فنوتیپ موجود ممکن است گویای ژنوتیپ صفات نباشد. برای رفع این مشکل تکنیک‌های پیشرفته اصلاح نژاد با استفاده از علم آمار تدوین شده است. این روش‌ها در چندین سال اخیر مفید بوده و پیشرفت‌های قابل توجه ای را موجب شده است (هرندی،1377). امروزه تکنیک ژنتیک مولکولی انقلابی در تجزیه ژنتیکی گونه‌های اهلی ایجاد کرده است. به طوری که بر اساس آن می‌توان چند شکلی را در سطح DNA [1] شناسایی و از آن به عنوان نشانگرهای مولکولی استفاده کرد و به مطالعه افراد و موجودات مختلف پرداخت (ولر و همکاران،1990).

    ماهی سفید[2] دریای خزر در بین ماهیان استخوانی یکی از گونه‌های با ارزش و اقتصادی در حوزه جنوبی این دریا می‌باشد که با توجه به لذیذ بودن، ارزش غذایی بالا و کیفیت عالی گوشت بیش از 50% کل صید این ماهیان را به خود اختصاص می‌دهد، به طوری که میزان صید آن در سال 1386 بالغ بر 17 هزار تن بود (قاسمی و همکاران 1386). در سه استان همجوار دریای خزر میزان صید ماهی سفید 63/59% از کل صید ماهیان این دریا را در سال 1390 به خود اختصاص داده است (معاونت صید استان‌های گلستان، مازندران، گیلان). دو نژاد بهاره و پاییزه ماهی سفید در دریای خزر وجود دارند که نژاد بهاره آن بیش از 98% ذخایر ماهی سفید دریای خزر را تشکیل می‌دهد. در سال‌های اخیر، ذخایر نژاد پاییزه ماهی سفید به علت از بین رفتن بسترهای طبیعی تخم ریزی، صید بی رویه و دیگر عوامل تاثیر گذار کاهش یافته است (قاسمی و همکاران 1386).

    ماهی کپور معمولی[3] از خانواده کپور ماهیان[4]، بومی آسیای مرکزی است که طی قرن‌های متمادی در نواحی مختلف جهان گسترش پیدا کرده است. دریای خزر زیستگاه مهمی برای کپور معمولی وحشی است که یکی از ماهیان اقتصادی و منبع غذایی مهمی محسوب می‌شود لذا سهم بزرگی در تقویت منبع این ماهی در دریا دارد (یوسفیان، 2011). هر چند این گونه به صورت بومی و طبیعی در تمام سواحل دریای خزر وجود دارد و برای تولید مثل وارد مصب رودخانه‌ها می‌شود، اما در سال‌های اخیر به دلیل صید بیش از حد و از بین رفتن محل‌های تولید مثل، نسل آن‌ها کاهش پیدا کرده است به طوری که جزو گونه‌های نیازمند به حفاظت در منطقه به شمار می‌رود (قلیچ پور و همکاران 1389).

    در حال حاضر، کاهش ذخایر آبزیان در اکثر نقاط دنیا توجه متخصصین را به اعمال روش‌های دقیق ازجمله روش‌های مولکولی جهت مدیریت ذخایر آبزیان جلب نموده است و شناسایی گونه‌ها و اصلاح نژاد آن‌ها در برنامه‌های بهره برداری از ذخایر آبزیان دریایی و آبزی پروری از اهمیت زیادی برخوردار است. علی رغم اهمیت این گونه‌ی با ارزش که در بین ساکنین حوضه جنوبی دریای خزر از اهمیت اقتصادی بالایی برخوردار است، مطالعات اندکی در زمینه ساختار ژنتیکی و جمعیت شناختی آن صورت گرفته است (قاسمی و همکاران 1386).

    هورمون رشد[5] (GH) نقش ضروری در تنظیم رشد، تقسیم سلولی، تمایز سلولی و بزرگ شدن اندازه سلول‌ها بازی می‌کند. اهمیت GH به عنوان یک عامل موثر در افزایش رشد از مدت‌ها پیش مشخص شده است. نشان داده شد که به کارگیری GH باعث افزایش میزان رشد در بیشتر حیوانات به خصوص ماهی می‌شود (سانسانسن و همکاران، 2009 و ژانگ و همکاران، 2014). همچنین نشان داده شد که GH رشد را به طور مستقیم از طریق افزایش سنتز DNA، پروتئین و لیپولیز در ماهیچه تحریک می‌کند. هورمون رشد از طریق تاثیر بر تولید و رها سازی یک میتوژن به نام I-IGF[6] که هم توسط کبد و هم بیشتر بافت‌های پیرامونی تولید می‌شود، به طور غیر مستقیم فرایند رشد را کنترل می‌کند (کلنگی میاندر و همکاران، 2013).

    جهش‌های موجود در نواحی مختلف ژن‌ها همواره مورد توجه بسیاری از متخصصان علم اصلاح نژاد می‌باشد. ارتباط چند شکلی این ژن‌ها با خصوصیات فنوتیپی به عنوان مثال رشد به طور وسیعی در دیگر حیوانات مورد بررسی قرار گرفته و مطالعات محدودی نیز در مورد ماهی انجام شده است (گروس و نیلسون، 1999 و تائو و بولدینگ، 2003). آنالیز قطعاتی از ساختار ژن هورمون رشد و گیرنده هورمون رشد[7] (GHR) در سطح سلول (چه کروموزوم و یا cDNA) اهمیت بنیادی و کاربردی دارد. ژن هورمون رشد و گیرنده آن را که از DNA هسته‌ای به دست آمده‌اند می‌توان برای مطالعه تکامل و ارتباط بین گونه‌ای و داخل گونه‌ای استفاده نمود. شناسایی تنوع آلل های ژن هورمون رشد در داخل گونه می‌تواند به انتخاب صفات رشد مطلوب در ماهی کمک شایانی نماید (کوخر و کهلمن، 2011).

    [8]SSCP روشی بر اساس رابطه بین تحرک الکتروفورزی تک رشته DNA و فرایند تاخوردن آن است که به نوبه خود، نشان دهنده توالی نوکلئوتیدها است. این روش، سریع و انجام آن آسان است. علاوه بر این، از آن‌جا که حتی تغییرات تک بازی در یک توالی به احتمال زیاد به رونوشت‌های مختلف می‌انجامد، گونه‌های بسیار نزدیک را حتی با استفاده از قطعات بسیار کوتاه می‌توان با دقت از هم جدا کرد (تلچا، 2009). نرخ شناسایی جهش‌های نقطه‌ای SSCP در سیستم‌های مختلف 90-80% است که برای شناسایی جهش‌ها روشی کارامد، مناسب و اقتصادی است (اکسین و جینگو، 2011). این روش تا به حال بر روی این ماهی‌ها انجام نشده است. به علاوه هنوز اساس مکانیزم ژنتیکی صفات مختلف در این گونه مشخص نشده است (اکسو و همکاران، 2012).

    1-2 ژن‌های کاندیدا و اهمیت آن‌ها

    راهکار ژن‌های کاندید یکی از روش‌های بسیار قوی در بررسی ارتباط چندشکلی ژن با صفات اقتصادی مهم در آبزی‌پروری است (تیان و همکاران، 2014). از آن‌جایی‌که در بروز صفات و خصوصیات اقتصادی عوامل محیطی نیز موثرند لذا شناسایی ژن‌های مرتبط با آن‌ها، برای ایجاد تغییرات مهم اقتصادی و تسریع اصلاح صفات و انتخاب مستقیم موجودات برای این گونه صفات ضروری است. امروزه روش‌های ژنتیک مولکولی به کشف ژن‌های بزرگ اثر که روی برخی صفات کمی مهم موثر هستند، کمک زیادی کرده است (QTL [9] و مارکرهای ژنتیکی که با QTL پیوستگی دارند). با توجه به شناخت، از نقش و عملکرد این ژن‌ها، انتخاب بر اساس داده‌های مولکولی بر این فرض استوار است که همه افرادی که برای ژن‌های بزرگ اثر تعیین ژنوتیپ شده‌اند، قبل از سن انتخاب قرار دارند. چنانچه هدف فقط انتخاب بر اساس ژن بزرگ اثر باشد در صورتی که مشخص شود یک آلل نسبت به آلل دیگر ارجعیت دارد و افرادی که ترجیحا دو آلل و یا یک آلل ارجع را دارند انتخاب شوند با حداکثر سرعت ممکن منجر به ثبوت آلل های فوق در جامعه خواهد شد. البته این سرعت وابسته به فراوانی ژن‌ها و فشار حاصل از انتخاب خواهد بود. در حالت انتخاب بر اساس ژنوتیپ، فراوانی ژن مورد نظر با سرعت بالایی افزایش می‌یابد و در نهایت ثابت باقی می‌ماند (موری، 2000). در ماهی تعدادی از ژن‌های موثر بر رشد شامل PIT1 [10]، IGF، GHRH [11]، GHR و GH شناسایی شده‌اند. هدف از این پژوهش بررسی ارتباط چند شکلی‌های ژن هورمون رشد (GH) با صفات رشد در دو گونه کپور معمولی و ماهی سفید دریای خزر بوده است.

     

    Abstract

    Growth hormone is the most important hormone that controls somatic cell growth and effective in the synthesis of protein, fat, and carbohydrates. The purpose of this study was to identify polymorphism of GH-1 in common carp (Cyprinus carpio) and GH-2 in Caspian kutum (Rutilus kutum) using PCR- SSCP technique and its association with growth traits including condition factor (CF), body weight (BW) and length. A total of 150 carp fish at 4 age groups of 4, 6, 12 and 24 months and 150 white fish at 3 month of age were randomly selected and caudal fin was used for DNA extraction. After DNA extraction by modified salting out method, two fragments of 373 bp and 410 bp were amplified in carp and Caspian kutum for GH-1 and GH- loci, respectively. All individuals were genotyped by SSCP method. Eight different banding patterns of A, B, C, D, E, F, G, and H was observed with frequencies of 31.33, 10.67, 20.67, 22.67, 4.0, 2.0, 2.67, and 6.0 % in carp and 3 different banding patternsof A, B and C with frequencies of 24.67, 58.67, 16.67% in Caspian kutum population, respectively. Analysis of marker-trait showed no significant statistical relationships between studied marker loci with body weight, length, and condition factor in Caspian kutum populations. Also, the GH-1 gene was significantly associated with body weight (P < 0.05) in the three age groups )4, 6 and 12 months (of common carp, whereas it had no significant correlations with the length and CF. Duncan's multiple range test for common carp revealed that fish with D genotype had a greater weight than the other genotypes (P < 0.05). This test for Caspian kutum revealed that fish with genotype C had a greater CF than those with A genotype (P < 0.05). None of the genotypes showed significant differences in terms of body weight and length traits within Caspian kutum population. Sequencing results of genotype C from amplified fragment in Caspian kutum revealed nine SNPs that occurred in position 82 through changes as T to G in a 82 bp nucleotide, A to C in a 113 bp nucleotide, G to A in a 207 bp nucleotide, G to A in a 254 bp nucleotide, G to A in a 269 bp nucleotide, G to A in a 296 bp nucleotide, A to G in a 307 nucleotide, C to A in a 308 bp nucleotide, and G to A in a 346 bp nucleotide. In the banding pattern of B, a deletion mutation was detected in nucleotide position 366. Overall, a total of eight different banding patterns observed in the studied marker loci indicates a high diversity in GH-1 gene in common carp population. Therefore, given the economic importance of common carp and Caspian kutum in breeding industry, and also the association between the observed polymorphisms and growth traits, those marker sites can probably be used in breeding programs in studied populations. However, for achieving more reliable results, future experimentations should be conducted with higher numbers of markers and sample size for these populations.

     

    Keywords: Common carp, Caspian kutum, GH gene, PCR-SSCP.

  • فهرست و منابع پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP

    فهرست:

    فصل اول.. 1

    مقدمه و کلیات.. 1

    1-1 مقدمه. 2

    1-2 ژن‌های کاندیدا و اهمیت آن‌ها 4

    فصل دوم. 5

    بررسی منابع. 5

    2-1 مروری کوتاه بر خصوصیات بیولوژیکی و زیستگاهی ماهیان مورد مطالعه. 6

    2-1 کپور شکلان.. 6

    2-1-1 خانواده کپور ماهیان.. 6

    2-1-1-1 ماهی سفید. 7

    2-1-1-2 کپور معمولی.. 8

    2-2 زیستگاه 9

    2-3 تغذیه. 10

    2-4 سن بلوغ. 10

    2-5 رشد و عوامل موثر بر آن.. 10

    2-5-1 تنظیم رشد. 11

    2-5-2 هورمون رشد. 11

    2-5-3 کنترل ترشح هورمون رشد. 12

    2-5-4 اثرات متابولیکی هورمون رشد. 12

    2-5-4-1 افزایش سرعت پروتئین سازی در بیشتر سلول‌های بدن.. 12

    2-5-4-2 افزایش رونویسی هسته‌ای DNA برای ساخت RNA.. 13

    2-5-4-3 افزایش میزان چربی‌ها برای تولید انرژی.. 13

    2-5-4-4 کاهش مصرف کربوهیدرات‌ها 13

    2-6 ژن هورمون رشد. 13

    2-7 نشانگرهای ژنتیکی.. 14

    2-7-1 نشانگرهای ریخت شناسی.. 15

    2-7-2 نشانگرهای فیزیولوژیکی.. 15

    2-7-3 نشانگرهای سیتوژنتیکی.. 15

    2-7-4 نشانگرهای پروتئینی.. 15

    2-7-5 نشانگرهای DNA یا نشانگرهای مولکولی.. 16

    2-8 نشانگرهای DNA مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 16

    2-9 واکنش رنجیره ای پلیمراز (PCR) 17

    2-9-1 بافر RCR.. 18

    2-9-2 کلرید منیزیم (Mgcl2) 18

    2-9-3 دی اکسی نوکلئوتیدها (dNTPs) 18

    2-9-4 آنزیم تک پلیمراز 19

    2-9-5 آغازگرها 19

    2-10 چند شکلی فضایی رشته‌های منفردSSCP) ) 19

    2-11 مروری بر برخی پژوهش‌های انجام شده: 20

    فصل سوم. 22

    مواد و روش‌ها 22

    3-1 نمونه برداری.. 23

    3-2 بررسی فاکتور وضعیت... 23

    3-3 استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته. 23

    3-3-1 طرز تهیه بافرهای استخراج DNA.. 23

    3-4 تعیین ویژگی‌های کمی و کیفی DNA استخراج شده: 24

    3-4-1 ژل آگارز 24

    3-4-2 رنگ آمیزی ژل آگارز 25

    3-5 تعیین غلظت DNA استخراج شده با استفاده از اسپکتوفتومتر. 26

    3-6 واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) 26

    3-6-1 پروتکل و مواد استفاده شده در PCR.. 26

    3-6-2 مراحل PCR.. 27

    3-6-3 تنظیم سیکل‌های حرارتی PCR.. 28

    3-6-3-1 واسرشته سازی قطعه الگو. 28

    3-6-3-2 اتصال آغازگرها: 28

    3-6-3-3 بسط (طویل سازی) آغازگرها: 28

    3-7 چندشکلی فضایی در تک رشته DNA (SSCP) 29

    3-8 الکتروفورز محصولات SSCP روی ژل اکریل آمید. 30

    3-8-1 تهیه ژل پلی اکریل آمید. 30

    3-8-2 آماده سازی دستگاه الکتروفورز عمودی.. 31

    3-8-3 رنگ آمیزی با نیترات نقره 32

    3-8-3-1 مراحل انجام رنگ آمیزی نیترات نقره: 32

    3-9 مراحل انجام کار 33

    3-10 تعیین توالی الگوهای باندی مشاهده شده در جمعیت مورد مطالعه. 34

    3-11 تجزیه تحلیل داده‌ها 34

    3-11-1 تجزیه و تحلیل آماری ژنتیک جمعیت و ارتباط نشانگر- صفت... 34

    3-11-2 تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک توالی‌های به دست آمده 35

    فصل چهارم. 36

    نتایج.. 36

    4-1 بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده 37

    4-2 تکثیر قطعات مورد نظر. 37

    4-2-1 ژن GH-2 ماهی سفید. 37

    4-2-2 ژن GH-1 ماهی کپور معمولی.. 38

    4-3 الگوهای باندی مشاهده شده جایگاه GH... 38

    4-3-1 ژن GH-2 ماهی سفید. 38

    4-3-1-1 بررسی فاکتور وضعیت ماهی سفید. 39

    4-3-1-2 بررسی ارتباط بین نشانگر- صفت در جایگاه GH-2 ماهی سفید. 39

    4-3-2 ژن GH-1 ماهی کپور معمولی.. 40

    4-3-2-1 بررسی فاکتور وضعیت کپور معمولی.. 41

    4-3-2-2 بررسی ارتباط بین نشانگر- صفت در جایگاه GH-1 ماهی کپور معمولی.. 41

    4-5 تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک... 42

    4-5-1 توالی یابی.. 42

    4-5-2 مقایسه توالی GH-2 ماهی سفید و ماهی کپور معمولی.. 43

    4-6 تعیین ژنوتیپ الگوهای باندی جایگاه GH-2 ماهی سفید پس از توالی‌یابی.. 47

    4-7 برآورد مقدار وفور ژنی و ژنوتیپی جایگاه GH-2 ماهی سفید. 48

    فصل پنجم. 50

    بحث و نتیجه گیری.. 50

    5-1 بحث و نتیجه گیری.. 51

    5-2 پیشنهادات.. 53

    منابع. 54

    پیوست‌ها: 60

     

    منبع:

     

    امتیازی گ. و کریمیم. (1384). مبانی زیست مولکولی و مهندسی ژنتیک. انتشارات مانی اصفهان. 490 صفحه.

    بنابازی م. ح. (1381). بررسی تنوع ژنتیکی در درون و بین پنج جمعیت گوسفند ایرانی با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره. پایان نامه کارشناسی ارشد علوم دامی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه تهران. 130 صفحه.

    حلاجیان ع. ، کاظمی ر. و دژندیان س. (1384). مطالعه بافت شناسی گناد ماهی سفید (Rutilus frisii kutum) در نواحی جنوب غربی دریای خزر در غیرا از فصل تخم ریزی. موسسه تحقیقات بین المللی ماهیان خاویاری دکتر دادمان.

    سامانتام ر. ، ساکاماران ن. و ناتاراجان پ. (1384). پرورش آبزیان در آب‌های شیرین. مترجم رفیعی، غ. ر. انتشارات دانشگاه تهران.

    ستاری م. 1381. ماهی شناسی (1) تشریح و فیزیولوژی. انتشارات نقش مهر. فصل 12. رشد. صص 423-432.

    سپهری (1385). هورمون رشد. ماهنامه جهان دامپروری. شماره 16

    ستاریم. ، شاهسونی د. و شفیعی‌اش. 1386. ماهی شناسی (2) سیستماتیک. انتشارات حق شناس. 592 صفحه.

    شهبازی پ. و ملک نیا ن. 1378. بیوشیمی عمومی برای دانشجویان گروه پزشکی. انتشارات دانشگاه تهران.

    عبدلی ا. و نادریم. 1387. تنوع زیستی ماهیان حوضه جنوبی دریای خزر. انتشارات علمی آبزیان. 242 صفحه.

    عسگری ر. 1384. مروری بر ماهی شناسی سیستماتیک. انتشارات نقش مهر. 266 صفحه.

    قاسمی ف. ، پورکاظمی م. ، زمینی ع. و یارمحمدی م. (1386). بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ماهی سفید نژاد بهاره و پاییزه (Rutilus kutum) با استفاده از مارکرهای مایکروستلایتی. نخستین همایش ملی منابع شیلاتی دریای خزر.

    قلیچ پورم. ، شعبانی ع. و شعبان پور، ب. (1389). مقایسه  ساختار ژنتیکی دو جمعیت کپور معمولی (Cyprinus carpio) در مناطق قره سو و انزلی با استفاده از هشت نشانگر ریزماهواره.

    کیوانی‌ای. 1387. خلاصه رده بندی فیلوژنتیکی ماهی‌ها. مرکز نشر دانشگاه صنعتی اصفهان.

    مردانی د. 1372. بیوشیمی ژنتیک، از ژن تا پروتئین. ناشر خدمات آموزشی و فرهنگی مبتکران.

    نقوی‌ام. ، قره یاضی ب. ، حسینی سالکده ق. ، (1388). نشانگرهای مولکولی. چاپ سوم. انتشارات دانشگاه تهران، صص 155-156.

    .

     

     

     

    Abdoli R., Zamani P., Deljou A., Rezvan H., (2013). Association of BMPR-1B and GDF9 genes polymorphisms and secondary protein structure changes with reproduction traits in Mehraban ewes. Gene, 524:296–303.

     

    Almuly R., Cavari B., Ferstman H., Kolodny O., Funkenstein B. (2000). Genomic structure and sequence of the gilthead seabream (Sparus aurata) growth hormone-encoding gene: Identification of minisatelliten polymorphism in intron I. Genome, 43: 836–845.

    Agellon L. B., Davies S. L., Chen T. T., & Powers D. A. (1988). Stucture of a fish (Rainbow Trout) growth hormone gene and its implications. Proceedings of the National Academy of Sciences, 85(14) , 5136- 5140.

     

    Ber R., Daniel V. (1993). Sequence analysis suggests a recent duplication of the growth hormone-encoding gene in Tilapia nilotica. Gene, 125: 143–150.

    Calduch-Giner J.A., Mingarro M., Vega-Rubin de Celis S., Boujard D., Perez Sanchez, J. (2003). Molecular cloning and characterization of gilthead sea bream (Sparus aurata) growth hormone receptor (GHR). Assessment of alternative splicing. Comparative Biochemistry and Physiology Part B: Biochemistry and Molecular Biology, 136: 1–13.

    Christoffels A., Koh E. G. L., Chia J., Brenner S., Aparicio S., & Venkatesh B. (2004). Fugu genome analysis provides evidence for whole-genome duplication early during the evolution of ray-finned fishes. Molecular biology and evolution, 21(6) , 1146-1151.

    De-Santis C., Jerry D.R. (2007). Candidate growth genes in finfish. Where should we be looking? Aquaculture, 272: 22– 38.

    Din S. Y., Hurvitz A., Goldberg D., Jackson K., Levavi-Sivan B. & Degani G. (2008). Cloning of Russian sturgeon (Acipenser gueldenestaedtii) growth hormone and insulin-like growth factor I and their experession in male and female fish during the first period of growth. Journal of endocrinological investigation, 31(3) , 201.

    Duan C. (1997). The Insulin-like growth factor System and Its Biological Actions in fish. American Zoologist, 37(6) , 491- 503.

    FAO. (2008). Fisheries Statistics. Aquaculture Production.

    Gomez J. M., Loir M. & Le Gac F. (1998). Growth hormone receptors in testis and liver during the spermatogenetic cycle in Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Biology of reproduction, 58(2) , 483- 491.

    Gross R., Schlee P., Stein H., Rottmann O. (1996). Detection of allelic variation within the growth hormon gene in common bream using heteroduplex analysis. Journal of fish biology, 1284: 17-20

    Gross R., Nilsson J. (1999). Restriction fragment length polymorphism at the growth hormone 1 gene in Atlantic salmon (Salmo salar L.) and its association with weight among the offspring of a hatchery stock. Aquaculture, 173: 73–80.

    Ho W. K. K., Wong M. W., & Chan A. P. Y. (1991). Cloning and sequencing of the grass carp (Ctenopharryngodon idellus) growth hormone gene. Biochemica and bio physica Acta (BBS)-Gene Structure and Expression, 1090(2) ,245-248.

    Kajimura S., Kawaguchi N., Kaneko T., Kawazoe I., Hirano T., Visitacion N., Grau E.G., Aida K. (2004). Identification of the growth hormone receptor in an advanced teleost, the tilapia (Oreochromis mossambicus) with special reference to its distinct expression pattern in the ovary. Journal of Endocrinology, 181: 65–76.

    Knorr C., Moser G., Muller E. & Geldermann H. (2003). Associations of GH gene variants with performance traits in F2 generations of European wild boar, Pietrain and Meishan pigs. Animal genetics, 28(2) , 124- 128.

     Kocour M., Kohlmann K. (2011). Growth hormone gene polymorphisms in tench, Tinca tinca L. Aquaculture, 310: 298-304.

    Lee PY., Costumbrado J., Hsu CY., Kim YH. (2012). Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. Journal of visualized experiments. 62: 9400-9405.

    Maj A., Oprzadek J., Oprzadek A., Dymnicki E., Zwierzchowski L. (2004). Polymorphism in the 5′-noncoding region of the bovine growth hormone receptor gene and its association with meat production traits in cattle. Animal research, 53: 503–514.

     

    McCormick S. D. (2001). Endocrine control of osmoregulation in teleost fish American Zoologist, 41(4) , 781-794.

     

    Miller S. A., Dykes D. D., Polesky H. F. (1988). A simple salting out procedure for extraction DNA from human nucleated cells. Nucl. Acids Res. 16:1255.

    Mo S. J., Song P., Luo D. J., Peng M.Y., Zhang L., Yao H. L., Zhou W., Zhang J. N., Pan Y. F., Zheng S. M. (2004). Polymorphism in intron 2 of crucian carp GH I gene. Acta Genetica Sinica 31(6) : 582-90.

    Murkaeva A. (2008). Structure, evolution and expression of the duplicated growth hormone genes of common carp (Cyprinus carpio). zur Erlangung des akademischen Grades. Doctor rerum naturalium. 1-180.

     

    Murray Noreen E. (2000). Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertani and Weigle). Microbiology and Molecular Biology Reviews, 64(2) , 412- 434.

    Ni J., You F., Xu J. (2012). Single nucleotide polymorphisms in intron 1 and intron 2 of Larimichthys crocea growth hormone gene are correlated with growth traits. Chinese Journal of Oceanology and Limnology 30: 279-285.

    Ohkubo T., Araki M., Tanaka M., Sudo S., Nakashima K., (1996). Molecular cloning and characterization of the yellowtail GH gene and its promoter: a consensus sequence for teleost and avian Pit-1/ GHF-1 binding sites. Journal of Molecular Endocrinology: 16, 63–72.

    Pherson MM., Moller S., Moller SG. (2000). PCR (Basic: from background to bench). BIOS Scientific Publishers Ltd.

    Rezvani-Gilkolaei S. (1997). Molecular population genetic studies of sturgeon species in the South Caspion Sea. Ph.D. Dissertation. University of Wales, Swansea.

     Ryynanen H.J., Primmer C.R. (2004). Primers for sequence characterization and polymorphism detection in the Atlantic salmon (Salmo salar) growth hormone 1 (GH1) gene. Molecular Ecology Notes, 4: 664–667.

    Sundt-Hansen L., L. Neregård S., Einum J., Höjesjö B.T., Björnsson K., Hindar F., Økland and Johnsson J.I. (2009). Growth enhanced brown trout show increased movement activity in the wild. Functional Ecology, 23: 551–558 doi: 10.1111/j.1365-2435.2008.01532.x.

    Sciara A. A., Rubiolo J. A., Somoza G. M. & Arranz S. E. (2006). Molecular cloning, expression and immunological characterization of pejerrey (Odontesthes bonariensis) growth hormone Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology, 142(3) , 284- 292.

    Tambasco D. D., Paz C.C.P., Tambasco-studart M., Pereira A. P., Alencar M. M., Freitas A. R., Regitano L. C. A. (2003). Candidate gene for growth traits in beef cattle crosses Bos Taurus* Bos indicus. Journal of Animal Breeding and Genetics, 120(1) , 51-56.

    Tao W.J., Boulding E.G. (2003). Associations between single nucleotide polymorphisms in candidate genes and growth rate in Arctic charr (Salvelinus alpinus L.). Heredity, 91: 60–69.

    Teletchea F. (2009). Molecular identification methods of fish species: reassessment and possible applications. Rev Fish Biol Fisheries 19:265–293.

    Tian C. M., Yang L. Lv., Yuan Y., Liang X., Guo W., Song Y. and Zhao C. (2014). Single Nucleotide Polymorphisms in Growth Hormone Gene and Their Association with Growth Traits in Siniperca chuatsi (Basilewsky). Int J Mol Sci 15, 7029-7036.

    Weller J. I., Kashi Y. & Soller M. (1990). Power of daughter and granddaughter designs for determining linkage between marker loci and quantitative trait loci in dairy cattle. Journal of Dairy Science, 73 (9) , 2525.

    Xin T. and Jin-Gou T. (2011). SNPs and their applications in studies on genetics and breeding of aquaculture animals. Acta Hydrobiologica Sinica 35(2) : 348-354.

    Xu B., Moriyama S., Zhang P., Miao H., Li D. & Kawauchi H. (2001). The complete amino acid sequence of growth hormone and partial amino acid sequence of prolactin and somatolactin from sea perch (Lateolabrax japonicu). Aquaculture , 201(1) , 117- 136.

    Xu J., Ji P., Zhao Z., Zhang Y., Feng J., Wang J., Li J., Zhang X., Zhao L., Liu G., Xu P., and Sun X. (2012). Genome-wide SNP discovery from transcriptome of four common carp strains. PLoS One 7(10) : e48140

    Yang, Bih-Ying, Chan, King-Ming, Lin, Chun-Meann & Chen, Thomas T. (1997). Characterization of Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) Growth hormone I gene and the Promoter region of growth hormone 2 gene. Archives of biochemistry and biophysics, 340(2) , 359-368.

    Yousefian M. (2011). Genetic Variations of Common Carp (Cyprinus carpio L.) In South-Eastern Part of Caspian Sea Using Five Microsatellite Loci. World Journal of Zoology 6 (1) : 56-60.

    Zohar Y. (1989). Endocrinology and fish farming: aspects in reproduction, growth, and smoltification. Fish Physiology 



تحقیق در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, مقاله در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, پروژه دانشجویی در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, پروپوزال در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, تز دکترا در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, تحقیقات دانشجویی درباره پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, مقالات دانشجویی درباره پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, پروژه درباره پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, گزارش سمینار در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, پروژه دانشجویی در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, تحقیق دانش آموزی در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, مقاله دانش آموزی در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP, رساله دکترا در مورد پایان نامه اثر چند شکلی های ژن GH بر صفات رشد در ماهی سفید دریای خزر (Rutilus kutum) و کپور معمولی (Cyprinus carpio) به روش PCR-SSCP

ثبت سفارش
تعداد
عنوان محصول
بانک دانلود پایان نامه رسا تسیس