پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی

word
121
1 MB
31996
مشخص نشده
کارشناسی ارشد
قیمت: ۱۵,۷۳۰ تومان
دانلود فایل
  • خلاصه
  • فهرست و منابع
  • خلاصه پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی

    پایان نامه کارشناسی ارشدرشته ژنتیک

    چکیده فارسی

    ناشنوایی یکی از شایع ترین بیماری های حسی است که 1 در 1000  نوزاد به آن مبتلا می شوند. 60% از ناشنوایی هاژنتیکی بوده که 70% از موارد غیر سندرومی و دارای توارث اتوزومال مغلوب می باشد. تا به امروز بیش از 50 ژن برای ناشنوایی غیر سندرومی اتوزومال شناسایی شده است. در ایران، ناشنوایی به دلیل ازدواج های خویشاوندی یکی از شایع ترین بیماری های ارثی است.

    هدف از این مطالعه بررسی شیوع هفت ژن(GJB4, GJC3, SLITRK6, SERPINB6, NESP4, CABP2, and OTOGL)   شناخته شده برای  ناشنوایی مغلوب غیرسندرومی در صد خانواده ایرانی که دارای ازدواج خویشاوندی و بیش از دو فرد مبتلا می باشند است.

    روش انجام مطالعه فوق، بررسی آنالیز پیوستگی بااستفاده از مارکرهای  STR که در مجاورت ژن مذکور قرار دارند می باشند. در صورت مشاهده الگوی پیوستگی، آنالیز توالی یابی و مطالعات تکمیلی صورت خواهد پذیرفت.

    نتایج مطالعه، دو خانواده به ژن GJB4 پیوستگی نشان دادند، شش خانواده به ژن GJC3 پیوستگی نشان دادند، یک خانواده به ژن SLITRK6 پیوستگی نشان داد، یک خانواده به ژن SERPINB6 پیوستگی نشان داد، هشت خانواده به ژن NESP4 پیوستگی نشان دادند، دو خانواده به ژن CABP2 پیوستگی نشان دادند، و شش خانواده به ژن OTOGL پیوستگی نشان دادند که با بررسی توالی یابی اگزون های ژن مربوطه تغییری در ژن مذکور مشاهده نگردید. این نتایج بیانگر شیوع بسیار کم جهش در این هفت ژن در جمعیت ایرانی می باشد.

    واژه های کلیدی: ناشنوایی غیر سندرمی، توارث مغلوب اتوزومی ، نقشه کشی هموزیگوسیتی، توالی یابی به روش سنگر، ایران.

    مقدمه

    ناشنوایی یکی از ناتوانایی های حسی می باشد که تعداد زیادی در دنیا به آن مبتلا هستند.  خطر خاصی مبتلایان ناشنوایی را تهدید نمی کند ولی زندگی روزمره آن ها را تحت تاثیر قرار می دهد. در کشورهای پیشرفته یک در هر هزار کودک، دچار ناشنوایی شدید در زمان بدو تولد و یا دوران پیش زبانی می شوند. ناشنوایی که قبل از حرف زدن اتفاق می افتد راناشنوایی پیش زبانی[1] و ناشنوایی بعد از صحبت کردن کودک راناشنوایی پس زبانی [2]می گویند. ناشنوایی پس کلامی، بسیار رایج تر از ناشنوایی پیش کلامی بوده و4 در صد از جمعیت زیر 45 سال، 10 درصد از جمعیت بالای 65 سال و 50 در صد از جمعیت بالای 80 سال را در بر می گیرد. اغلب بیماران با ناشنوا یی  پس کلامی، توارث چند عاملی دارند ولی  در موارد تک ژنی  به طور عمده از توارث اتوزومی غالب پیروی می کنند[1].

    درحدود 60 در صد علل ناشنوایی ژنتیکی، 30 در صد اکتسابی و 10 در صد آن ادیوپاتیک است.[1] ناشنوایی می تواند به روش های مختلفی طبقه بندی شود:  پیش زبانی یا پس زبانی، سندرمی (%30-20) یا غیرسندرمی (%80-70) و بر اساس وجود یا عدم وجود علایم بالینی یا آزمایشگاهی مشخص شده، طبقه بندی شود. انواع ناشنوایی سندرمی همراه با علائم بالینی دیگری  می باشد، در حالیکه در ناشنوایی غیر سندرمی تنها علامت بالینی بیمار، همان ناشنوایی وی می باشد .[2] ناشنوایی سندرمی در مقایسه با نوع غیر سندرمی از هتروژنیتی کمتری برخوردار می باشد.همچنین ناشنوایی می تواند به صورت تعادلی در گوش میانی و خارجی یا به صورت عصبی در گوش درونی ایجاد شود.

    توارث ناشنوایی می تواند به صورت اتوزومیال مغلوب (%80)، اتوزومی غالب (%20)، وابسته به ایکس و یامیتوکندریایی (%1>) باشد .[3]

    در اغلب موارد، ناشنوایی ژنتیکی به علت اختلال در یک ژن ایجاد می گردد. در حدود 70% از کودکان ناشنوایی که متولد می شوند، دارای ناشنوایی ژنتیکی غیر سندرمی هستند که در آنها هیچ علامت فیزیکی دیگری دیده نمی شود. در30% باقیمانده، ناشنوایی همراه با علائم دیگر بوده و ناشنوایی سندرمی خوانده می شود .[4]

    ناشنوایی تک ژنی به طریق مختلف می تواند به ارث برسد. ناشنوایی غیر سندرمی با توارث مغلوب اتوزومی[3] در 80% موارد رخ داده و معمولا به صورت پیش کلامی بروز می کند. در حالیکه، ناشنوایی غیر سندرمی با توارث غالب [4] حدودا در 20% موارد رخ داده واغلب به صورت پس کلامی بروز می کند. در کمتر از یک درصد موارد، توارث به صورت وابسته به جنس یا میتوکندریایی می باشد .[4]

    در ایران ناشنوایی بعد از عقب ماندگی ذهنی دومین معلولیت رایج است که 1 در 166 نفر به آن مبتلا می باشد[5] و به دلیل میزان بالای ازدواج های خویشاوندی در ایران ناشنوایی اتوزومی مغلوب از بقیه انواع توارث نرخ بالاتری دارد.[4]

     

    -2 بیان مسئله

    همانطور که گفته شد 70%  ناشنوایی ژنتیکی غیر سندرمی است،که از این  میان 80%  آن اتوزومی مغلوب است،و ناشنوایی اتوزومی غیرسندرمی جزو شایع ترین فرم ناشنوایی شدید است [6].

    تا اکنون 55 ژن و 102 لوکوس ژنتیکی برای ناشنوایی اتوزومی مغلوب غیرسندرمی پیدا شده است[7]. شایع ترین عامل که درناشنوایی اتوزومی مغلوب غیرسندرمی یافت شده است یک جهش حذفی (35delG) در GJB2 بود که جهش   در این ژن بیشترین دلیل این نوع ناشنوایی است.35delG شایع ترین جهش در ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در شمال اروپا است[8]. جهش در این جایگاه DFNB1 باعث ناشنوایی مغلوب و درجایگاهDFNA3 باعث ناشنوایی غالب میشود.بیش از 50 نوع متفاوت جهش در این ژن یافت شده است اما سه جهش از بین آنها شایع تر است:35delG (شایع در جمعیت های سفید)،167delT(شایع در جمعیت های یهودی) و 35delC (شایع در جمعیت های آسیایی).

    در یکی از تحقیقاتی که در دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی در تهران انجام شد، 35delG در قوم بلوچ دیده نشد. دکتر نجم آبادی و همکاران در سال 2008،به این نتیجه رسیدند که 80%  ناشنوایی در بلوچ ها به دلیل جهش در جایگاهW24X روی ژن  GJB2است .[4] این پدیده نشانگر آن است که جهش در GJB2 نژادی و جغرافیایی است. W24Xجایگاهی روی ژن  GJB2 است که در جنوب ایران بسیار رایج می باشد .[9]

     

    Abstract

    Hearing loss (HL) is the most common sensory disorder that affects 1 in 1000 newborns. About 60% of HL is due to genetics and 70% of them are non-syndromic with the recessive pattern of inheritance. Up to now, more than 50 genes have been detected which are responsible for autosomal recessive non-syndromic hearing loss, (ARNSHL). In Iran HL is one of the most common disabilities due to consanguineous marriage.

    Objectives: The aim of this study was to investigate the prevalence of seven new ARHL genes (GJB4, GJC3, SLITRK6, SERPINB6, NESP4, CABP2, and OTOGL) reported in the neighboring countries among Iranian families with ARNSHL.

    Method: One hundred unrelated families with at least two affected siblings in consanguineous marriage, who were negative for GJB2 gene mutations, were selected. By using three STR markers for each gene, homozygosity mapping was performed.

    Results: Two families showed linkage to GJB4, six families were linked to GJC3, only one family linked to SLITRK6, One family was linked to SERPINB6, eight families were linked to NESP4, two familes were linked to CABP2, and six families were linked to OTOGL. The samples of these families who showed linkage were sent for Sanger sequencing to detect the causative mutations, however, after analyzing the sequencing results, no mutation could be detected in either of the families. Molecular analysis for these nine families is underway in order to determine the pathogenic mutations using whole exome sequencing.

    Discussion: These data explains a very low prevalence mutation in these seven genes, GJB4, GJC3, SLITRK6, SERPINB6, NESP4, CABP2, and OTOGL, in Iranian population since no mutation was detected in our study group of one hundred families.

    Keywords: Autosomal recessive non-syndromic hearing loss, homozygosity mapping, linkage analysis, 

  • فهرست و منابع پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی

    فهرست:

    فصل اول کلیات تحقیق

    مقدمه    .................................................................................................................................................  1

    بیان مسئله   .......................................................................................................................................... 3

    اهمیت و ضرورت تحقیق   ..................................................................................................................... 4

    اهداف   ................................................................................................................................................... 6

    هدف کلی   ........................................................................................................................................... 6

    اهداف اختصاصی   ............................................................................................................................... 6

    اهداف کاربردی   ....................................................................................................................... 6

    سؤالات و فرضیه ها   ............................................................................................................................. 7

    فصل دوم پیشینه تحقیق

    آناتومی گوش   ....................................................................................................................................... 8

    گوش خارجی   ..................................................................................................................................... 8

    گوش میانی   ........................................................................................................................................ 9

    گوش داخلی   ...................................................................................................................................... 9

    طبقه بندی ناشنوایی   ......................................................................................................................... 11

    طبقه بندی بر اساس سن شروع   ..................................................................................................... 11

    طبقه بندی بر اساس شدت   ............................................................................................................. 12

    طبقه بندی بر اساس علت فیزیولوژیکی   ........................................................................................ 12

    ژن های شناخته شده مرتبط با ناشنوایی......................................................................................... 13

    بررسی ژن ها..................................................................................................................................... 22

    GJB4  ............................................................................................................................ 22

    GJC3   .............................................................................................................................. 25

    ژن SLITRK6 ...................................................................................................................... 26

    ژن SERPINB6   ................................................................................................................... 28

    NESP4  ............................................................................................................................ 29

    ژن CABP2   ......................................................................................................................... 30

    ژن OTOGL  ......................................................................................................................... 31

    فصل سوم روش شناسی تحقیق

    نوع مطالعه.......................................................................................................................................... 34

    جامعه، نمونه آماری و روش نمونه گیری........................................................................................... 34

    روش جمع آوری داده ها.................................................................................................................... 34

    متغیره ها............................................................................................................................................ 34

    روش شناسی تحقیق......................................................................................................................... 35

    ملاحظات اخلاقی............................................................................................................................... 36

    مواد و روش ها.................................................................................................................................37

                استخراج DNA   .................................................................................................................... 37           چگونگی استخراج DNA ..................................................................................................... 38

    لیز سلول ................................................................................................................................ 39   

       هیدراسیون  DNA............................................................................................................. 40

       تعیین غلظت DNA استخراج شده   ............................................................................................ 41

      روش تعیین غلظت  ......................................................................................................................... 42

     نحوه خالص سازی نمونه های آلوده به پروتئین   ......................................................................... 42

    آنالیز پیوستگی برای بررسی 7 جایگاه ژنی مرتبط با ناشنوایی اتوزومی مغلوب غیرسندرومی   .. 43

    انتخاب مارکرهای   STR .................................................................................................... 44

    GJB4   ....................................................................................................................... 45

    GJC3   ......................................................................................................................... 46 

    ژن SLITRK6   ................................................................................................................. 47         

    ژن SERPINB6   ............................................................................................................. 48        

    NESP4   ...................................................................................................................... 49

    ژن CABP2   .................................................................................................................... 50

    ژن OTOGL   ................................................................................................................... 51

    تعیین هتروزیگوسیتی مارکرهای STR در جمعیت ایران   ............................................... 52     

    واکنش زنجیره ای پلیمراز   .............................................................................................................. 53

    مواد لازم برای واکنش PCR   ......................................................................................................... 54

                    روش انجام PCR   ....................................................................................................... 57

    الکتروفورز   ............................................................................................................................ 60

              الکتروفورز با ژل پلی آکریل آمید   .......................................................................... 61

    مواد لازم جهت الکتروفورز ژل پلی آکریل امید   .................................................... 62

    طرز تهیه ژل اکریل امید 8 درصد   .......................................................................... 63

    رنگ آمیزی ژل به روش نیترات نقره   ..................................................................... 65

              مواد لازم جهت رنگ آمیزی نقره   .............................................................. 65

              روش رنگ آمیزی نیترات نقره   .................................................................. 66

              بررسی ژل های پلی آکریل آمید   .............................................................. 67

    پیدا کردن جهش به روش مستقیم تعیین توالی   ............................................................... 68

              الکتروفورز محصولات PCR بر روی ژل آگارز   ..................................................... 70

                مواد لازم جهت انجام الکتروفورز DNA  برروی ژل آگارز   ..................... 70

    روش کار   ..................................................................................................... 71

    توالی پرایمرهای مورد استفاده برای تکثیر   ........................................................... 72

    روش آنالیز نتایج حاصل از Sequencing   ............................................................ 74

    فصل چهارم تجزیه و تحلیل و بیان نتایج حاصل از تحقیق

    نتایج حاصل از مطالعات  آنالیز پیوستگی    ...................................................................................... 75

            مارکرهای دارای فرکانس آللی بالاتر   .................................................................................. 75          

    نتایج آنالیز پیوستگی در خانوادهای ناشنوا با توارث مغلوب   ............................................ 77

    خانواده L-3082  و ژن  GJB4  ........................................................................................... 78

    خانواده L-1902  و ژن  GJC3  .......................................................................................... 81

    خانواده L-346  و ژن  SLITRK6   ..................................................................................... 84

    خانواده L-346  و ژن  NESP4  .......................................................................................... 86

    خانواده L-1731  و ژن  SERPINB6  ................................................................................ 88

    خانواده L-346  و ژن  CABP2  .......................................................................................... 91

    خانواده L-346  و ژن  OTOGL  ........................................................................................ 94

    فصل پنجم­ بحث ونتیجه گیری وپیشنهادات

    بحث ونتیجه گیری   ........................................................................................................................... 97

    تحقیقیات اضافه   ............................................................................................................................. 101

    پیشنهادات   ..................................................................................................................................... 103

    منابع   ............................................................................................................................................... 105

    منبع:

     

    Steensma, D.P., The Beginning of the End of the Beginning in Cancer Genomics. N Engl J Med, 2013.

    Van Camp, G., P.J. Willems, and R.J. Smith, Nonsyndromic hearing impairment: unparalleled heterogeneity. Am J Hum Genet, 1997. 60(4): p. 758-64.

    Hilgert, N., R.J. Smith, and G. Van Camp, Function and expression pattern of nonsyndromic deafness genes. Curr Mol Med, 2009. 9(5): p. 546-64.

    Najmabadi, H., et al., GJB2 mutations in Iranians with autosomal recessive non-syndromic sensorineural hearing loss. Hum Mutat, 2002. 19(5): p. 572.

    Piatto, V.B., et al., Molecular genetics of non-syndromic deafness. Braz J Otorhinolaryngol, 2005. 71(2): p. 216-23.

    Reardon, W., Genetic deafness. J Med Genet, 1992. 29(8): p. 521-6.

    Horn, H.F., et al., The LINC complex is essential for hearing. J Clin Invest, 2013. 123(2): p. 740-50.

    Hilgert, N., R.J. Smith, and G. Van Camp, Forty-six genes causing nonsyndromic hearing impairment: which ones should be analyzed in DNA diagnostics? Mutat Res, 2009. 681(2-3): p. 189-96.

    Denoyelle, F., et al., Prelingual deafness: high prevalence of a 30delG mutation in the connexin 26 gene. Hum Mol Genet, 1997. 6(12): p. 2173-7.

    Babanejad, M., et al., A comprehensive study to determine heterogeneity of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss in Iran. Am J Med Genet A, 2012. 158A(10): p. 2485-92.

    Schrijver, I., Hereditary non-syndromic sensorineural hearing loss: transforming silence to sound. J Mol Diagn, 2004. 6(4): p. 275-84.

    Clark, J.G., Uses and abuses of hearing loss classification. ASHA, 1981. 23(7): p. 493-500.

    Bitner-Glindzicz, M., Hereditary deafness and phenotyping in humans. Br Med Bull, 2002. 63: p. 73-94.

    Guy Van Camp RS. Hereditary hearing loss homepage. http://webh01.ua.ac.be/hhh/; 2008 [updated 2008; cited]; Available from.

    Ensemble genome browser. http://www.ensembl.org/index.html

    UCSC genome browser. http://genome-euro.ucsc.edu/index.html

    Lopez-Bigas, N., et al., A common frameshift mutation and other variants in GJB4 (connexin 30.3): Analysis of hearing impairment families. Hum Mutat, 2002. 19(4): p. 458.

    Yang, J.J., et al., Identification of mutations in members of the connexin gene family as a cause of nonsyndromic deafness in Taiwan. Audiol Neurootol, 2007. 12(3): p. 198-208.

    Kooshavar, D., et al., Digenic inheritance in autosomal recessive non-syndromic hearing loss cases carrying GJB2 heterozygote mutations: assessment of GJB4, GJA1, and GJC3. Int J Pediatr Otorhinolaryngol, 2013. 77(2): p. 189-93.

    Yang, J.J., et al., Expression patterns of connexin 29 (GJE1) in mouse and rat cochlea. Biochem Biophys Res Commun, 2005. 338(2): p. 723-8.

    Tang, W., et al., Connexin29 is highly expressed in cochlear Schwann cells, and it is required for the normal development and function of the auditory nerve of mice. J Neurosci, 2006. 26(7): p. 1991-9.

    Sonntag, S., et al., Mouse lens connexin23 (Gje1) does not form functional gap junction channels but causes enhanced ATP release from HeLa cells. Eur J Cell Biol, 2009. 88(2): p. 65-77.

    Hong, H.M., et al., A novel mutation in the connexin 29 gene may contribute to nonsyndromic hearing loss. Hum Genet, 2010. 127(2): p. 191-9.  

    Su, C.C., et al., Mechanism of two novel human GJC3 missense mutations in causing non-syndromic hearing loss. Cell Biochem Biophys, 2013. 66(2): p. 277-86.

    Aruga, J. and K. Mikoshiba, Identification and characterization of Slitrk, a novel neuronal transmembrane protein family controlling neurite outgrowth. Mol Cell Neurosci, 2003. 24(1): p. 117-29.

    Tekin, M., et al., SLITRK6 mutations cause myopia and deafness in humans and mice. J Clin Invest, 2013. 123(5): p. 2094-102.

    Morlet, T., et al., A homozygous SLITRK6 nonsense mutation is associated with progressive auditory neuropathy in humans. Laryngoscope, 2014. 124(3): p. E95-103.

    Matsumoto, Y., et al., Impaired auditory-vestibular functions and behavioral abnormalities of Slitrk6-deficient mice. PLoS One, 2011. 6(1): p. e16497.

    Ncbi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

    Sirmaci, A., et al., A truncating mutation in SERPINB6 is associated with autosomal-recessive nonsyndromic sensorineural hearing loss. Am J Hum Genet, 2010. 86(5): p. 797-804.

    Horn, H.F., et al., The LINC complex is essential for hearing. J Clin Invest, 2013. 123(2): p. 740-50.

    Worman, H.J. and N. Segil, Nucleocytoplasmic connections and deafness. J Clin Invest, 2013. 123(2): p. 553-5.

    Tabatabaiefar, M.A., et al., DFNB93, a novel locus for autosomal recessive moderate-to-severe hearing impairment. Clin Genet, 2011. 79(6): p. 594-8.

    Tabatabaiefar, M., et al., Genetic Linkage Analysis of 15 DFNB Loci in a Group of Iranian Families with Autosomal Recessive Hearing Loss. Iran J Public Health, 2011. 40(2): p. 34-48.

    Schrauwen, I., et al., A mutation in CABP2, expressed in cochlear hair cells, causes autosomal-recessive hearing impairment. Am J Hum Genet, 2012. 91(4): p. 636-45.

    Simmler, M.C., et al., Targeted disruption of otogl results in deafness and severe imbalance. Nat Genet, 2000. 24(2): p. 139-43.

    El-Amraoui, A., et al., Spatiotemporal expression of otogelin in the developing and adult mouse inner ear. Hear Res, 2001. 158(1-2): p. 151-9.

    Yariz, K.O., et al., Mutations in OTOGL, encoding the inner ear protein otogelin-like, cause moderate sensorineural hearing loss. Am J Hum Genet, 2012. 91(5): p. 872-82.

    Piatto, V.B., et al., Molecular genetics of non-syndromic deafness. Braz J Otorhinolaryngol, 2005. 71(2): p. 216-23.

    Tekin M. Genomic architecture of deafness in Turkey reflects its rich past. Int J Mod Anthrop. 2009;2: p.39-51.

    Najmabadi, H., et al., GJB2 mutations: passage through Iran. Am J Med Genet A, 2005. 133A(2): p. 132-7.



تحقیق در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, مقاله در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, پروژه دانشجویی در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, پروپوزال در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, تز دکترا در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, تحقیقات دانشجویی درباره پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, مقالات دانشجویی درباره پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, پروژه درباره پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, گزارش سمینار در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, پروژه دانشجویی در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, تحقیق دانش آموزی در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, مقاله دانش آموزی در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی, رساله دکترا در مورد پایان نامه بررسی هفت ژن جدید عامل ناشنوایی مغلوب غیرسندرمی در 100 خانواده ایرانی

ثبت سفارش
تعداد
عنوان محصول
بانک دانلود پایان نامه رسا تسیس